El Poder de un Héroe :Con el paso del tiempo, Peter inicia su primer noviazgo serio con su compañera de estudios Gwen Stacy y traba también amistad con el capitán de policía retirado George Stacy, padre de Gwen.
Sin embargo, durante una pelea de Spiderman contra el Doctor Octopus, el capitán Stacy muere salvando a un niño de morir aplastado bajo los fragmentos de un edificio en el que aquéllos peleaban. Agonizando, el capitán Stacy le revela a Peter que conocía hace tiempo su doble identidad y le pide que proteja a Gwen.
El público está convencido de que Spiderman es el responsable de la muerte del capitán y, desde entonces, será visto como un enemigo publico y empezará a ser atacado por otros héroes como el Hombre de Hielo de los X-Men. Estos eventos también provocarán un fuerte resentimiento de Gwen hacia Spiderman, lo cual generará un gran sentimiento de culpa a Peter, al saber que no podrá revelarle su auténtica identidad a su novia sin arriesgarse a perderla para siempre.
Es en esta época, cuando Harry Osborn, que era el mejor amigo de Peter y su compañero de apartamento, desarrollará una fuerte adicción a las drogas como consecuencia de diversos problemas, tanto amorosos con Mary Jane como con su padre.
Después de un tiempo, el Duende Verde regresa, secuestra a Gwen y la lleva al puente George Washington, desafiando a Spiderman. En medio de la pelea, Gwen cae del puente y, en un fallido intento de salvarla por parte de Spiderman, el cuello de la joven se quiebra al ser atrapada por un hilo de red lanzado por el héroe. Es uno de los momentos más dramáticos en toda la trayectoria del Hombre Araña. Peter se enfurece en tal extremo que el desenlace final con el Duende Verde acaba con la supuesta muerte de éste. Estos hechos son presenciados por Harry, quien culpa a Spiderman de lo ocurrido.
A los ojos del mundo, Spiderman es culpable tanto de la muerte de Norman Osborn como de Gwen Stacy y más oponentes surgirán queriendo llevarlo ante la Justicia.
Las Guerras Secretas ;Durante los años siguientes, Spiderman seguiría con su vida e iniciaría una relación formal con Mary Jane. Hasta ese momento, su personaje la mostraba como una joven alegre y despreocupada que no quería apegarse a nadie. Pero, tras la muerte de Gwen, sintió lástima por Peter y comenzó a abrirse más a él, contándole datos sobre su pasado e iniciando una gran amistad que, luego, se convertiría en noviazgo. Peter llegó incluso a proponerle matrimonio, pero ella rechazó el ofrecimiento diciéndole que no podía atarse a un solo hombre.
Spiderman logra, al fin, limpiar su nombre con la policía y el público en general, y todos comienzan a verlo como un héroe. Consigue graduarse en la universidad y ayuda a Harry Osborn (el cual había sustituido a su padre en su papel de Duende Verde) a curarse de su locura. Peter y Harry retoman su amistad. Al mismo tiempo, Spiderman conoce a la ladrona la Gata Negra y, tras algunos enfrentamientos, la convence para que deje su vida criminal. Tras ello comenzarán una relación amorosa.
Poco después, en la saga transversal de Marvel conocida como las Guerras Secretas, Spiderman, junto con muchos otros héroes y villanos, como la Antorcha Humana, el Capitán América, el Hombre de Hierro, Hulk, La Avispa, La Cosa, Mr. Fantástico, Magneto, la Gata Negra, Tormenta, Lobezno y el Doctor Octopus son transportados por la entidad cósmica conocida como el Todopoderoso (o Beyonder) a un planeta de su propia creación conocido como el Mundo de Batallas para llevar a cabo una competición entre superhéroes, en la que aquellos que vencieran a sus enemigos tendrían todo aquello que desearan. Durante este evento, tanto el traje de Spiderman como sus poderes quedarán dañados por las constantes batallas entre los personajes y Peter decidirá usar una máquina que, aparentemente, los otros héroes habían usado para restaurar sus trajes. Sin embargo, Spiderman activa una máquina equivocada y libera una criatura alienígena (el futuro Veneno) encerrada en ella, que toma el aspecto de traje negro. Durante y después de las guerras secretas, Spiderman quedará sorprendido ante las variadas habilidades que le proporciona su nuevo traje. Más tarde, Mr. Fantástico, de los Cuatro Fantásticos analizará el traje y descubrirá que en realidad es un ser vivo simbiótico que buscaba unirse a Spiderman permanentemente como un parásito. Eventualmente Spiderman logra librarse de él, aunque continúa usando el diseño de traje negro, alternando con el clásico ocasionalmente.
La relación de Spiderman y la Gata Negra se vuelve difícil y terminarán separándose, ya que Peter cae en la cuenta de que, en realidad, ella está enamorada de su identidad enmascarada, Spiderman, pero no de Peter Parker.
El lado oscuro :Mary Jane volvió de un viaje tras la petición de matrimonio de Peter y le reveló que conocía su secreto. Una vez más su amor renace y, tras solucionar una serie de problemas familiares, Mary Jane acepta la segunda proposición de matrimonio de Peter y se casan poco tiempo después.
La vida de ambos jóvenes dará un vuelco inesperado: Mary Jane abandonará todo su glamour de estrella y Peter solo podrá compartir con ella su pobreza y sus problemas. Su relación pasará por muchos altibajos a través de los años: desde la constante tensión que se vivía por los habituales peligros en la vida de Peter, hasta la carrera como modelo de Mary Jane y los diversos problemas de vivienda y económicos por los que pasan. Particularmente traumático fue el encuentro de Mary Jane con Venom(Veneno), un reportero frustrado que odiaba a Spiderman y que había logrado unirse con el ex traje alienígena y conocía la identidad secreta del héroe. Debido a estos sucesos, Spiderman decide desechar definitivamente su traje negro y volver a usar permanentemente el rojo y azul.
En esa época, Harry Osborn estaba casado con Liz Allen (o Liz Allan, en algunos cómics) y era padre de Normie. Volverá a perder la razón y se enfrentará a Spiderman en una pelea que le cuesta la vida, al salvarlo.
Más tarde se reveló que los padres de Peter Parker, a quienes les daba por muertos, habían sobrevivido y estaban encarcelados por un grupo de villanos. Todo ello no era más que una farsa creada por el Camaleón para infiltrarse en la vida de Peter y conseguir toda la información que pudiera sobre la identidad secreta de Spiderman. Al ser descubierto por éste, Spiderman, en un ataque de ira, casi mata a su enemigo. Estos eventos conducirían a Spiderman a uno de los momentos más oscuros de su vida.
El Clon :Poco después de la muerte de Gwen Stacy, el profesor Miles Warren (también conocido como el Chacal) había obtenido muestras genéticas tanto de Peter como de Gwen y las uso para crear clones con el propósito de atormentar y finalmente destruir a Spiderman. Sin embargo después de un enfrentamiento se creía que el clon estaba muerto, cuando de hecho había sobrevivido durante los últimos 5 años y respondía al nombre de Ben Reilly (nombre basado en el primer nombre del tío Ben y el apellido de la tía May). Cuando es encontrada en la tía May una enfermedad incurable, Ben regresa y se revela ante Peter. Eventualmente, Ben adopta la identidad de Scarlet Spider (Araña Escarlata) y comienza su propia carrera como superhéroe. Poco después la Tía May muere por su enfermedad (luego sería revelado que no era la verdadera sino una actriz).
Al mismo tiempo, Mary Jane revela estar embarazada, por lo cual Peter comienza a preocuparse de que clase de hijo puede engendrar. Finalmente el Chacal reaparece y tras plantear la semilla de la duda acerca de la identidad del verdadero Peter Parker, hace que Peter y Ben se realicen pruebas para determinar quien es realmente el clon. Cuando los resultados revelan que Ben es el verdadero, Peter enloquece temporalmente por todo lo que le ha sucedido y llega incluso a unirse al Chacal en un intento de reemplazar al mundo por clones. Sin embargo, gracias a la ayuda de Ben, Peter consigue recuperar la razón y juntos detienen al Chacal.
Tras todo lo sucedido, Peter decide retirarse y cederle el manto de Spiderman a Ben, para así poder dedicarse de lleno a su creciente familia. No es sino hasta mucho después que se revela el verdadero responsable de toda la farsa: Norman Osborn, el Duende Verde original, quien había estado fingiendo su muerte todos estos años y que manipuló al Chacal para enloquecer a Peter y destruirlo por dentro. Al ver que Peter sobrevivió a todo decide tomar el asunto en sus manos y revelar su presencia. De esta manera rapta a la hija recién nacida de Peter (aun hoy se desconoce su paradero, después de que Norman Osborn la cambio por un bebe muerto manipulando al doctor que atendió a Mary Jane) y asesina a Ben Reilly, revelando que todo este tiempo Ben era el clon. En respuesta a esto Peter retoma el manto de Spiderman nuevamente.
Los Nuevos Vengadores :El Duende Verde realiza un plan para obtener poder ilimitado a través de un ritual antiguo pero solo consigue perder completamente la razón. Peter abandona temporalmente su identidad enmascarada pero vuelve a asumirla al poco tiempo. Mary Jane es secuestrada, pero al final Spiderman consigue rescatarla. El trauma de estar tanto tiempo secuestrada hizo que Mary Jane abandonara a Peter para buscar una vida normal para ella. Tras la partida de Mary Jane, Spiderman es confrontado por un hombre llamado Ezekiel, quien no solo posee las mismas habilidades arácnidas que el, sino que le plantea que sus poderes obedecen a un propósito místico y que tiene un destino que cumplir. A pesar de negar esta afirmación, Spiderman comienza a enfrentar un creciente número de enemigos de naturaleza mística tales como Morlun o Shathra. Mary Jane eventualmente vuelve con Peter y comienza a buscar hacer una carrera como actriz seria.